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Entwickelt am Institut für Medizinische Mikrobiologie der Universität Zürich

Antibiotikaresistenzen (AMR) fordern bereits heute weltweit über eine Million Menschenleben pro Jahr – Tendenz steigend. Trotzdem bleibt das Bewusstsein für diese Bedrohung oft gering, besonders bei jungen Menschen. Gleichzeitig fehlen im Schulunterricht geeignete Lehrmittel, die das Thema altersgerecht, fundiert und didaktisch wirksam vermitteln.

Um diese Lücke zu schliessen, entwickelte Anna Simona Rieder, Humanmedizinstudentin, im Rahmen ihrer Masterarbeit am Institut für Medizinische Mikrobiologie der Universität Zürich ein frei zugängliches, browserbasiertes E-Learning für die Sekundarstufe I (13–15-Jährige). Realisiert wurde das Projekt mit Unterstützung des Bundesamts für Gesundheit, der Theodor und Ida Herzog-Egli Stiftung sowie in Zusammenarbeit mit Fachpersonen aus Mikrobiologie und Lehrmittelentwicklung.

In einfacher Sprache, mit Illustrationen und interaktiven Quizformaten führt das Tool in neun Kapiteln durch zentrale Fragen:

• Was sind Antibiotikaresistenzen?
• Warum gefährden sie die moderne Medizin?
• Und was können wir alle tun, um ihre Ausbreitung zu verhindern?

Neben der Wissensvermittlung steht die Sensibilisierung im Vordergrund: Jugendliche sollen verstehen, warum sie persönlich betroffen sein können und wie sie zur Eindämmung von AMR beitragen. Dafür übernehmen die Schüler:innen die digitale Rolle der Ärztin Selma und lernen Schritt für Schritt, wie die richtige Diagnose gestellt, eine passende Therapie gewählt und dabei verantwortungsvoll mit Antibiotika umgegangen wird.

Das Modul ist auf eine Bearbeitungszeit von rund zwei Schulstunden ausgelegt, frei zugänglich und ohne Login. Es kann autodidaktisch genutzt werden und erfordert keine Vorbereitung durch die Lehrperson. Durch ansteigenden Schwierigkeitsgrad und Zusatzinformationen eignet es sich für unterschiedliche Vorwissensstände und Lerngeschwindigkeiten.

Führen auch Sie das E-Learning mit Ihrer Klasse durch und leisten einen kleinen, aber wichtigen Beitrag zur Bekämpfung von Antibiotikaresistenzen: amr-learning.ch.

Bakteriologie – EUCAST-Empfindlichkeitsprüfung mittels Disk-Diffusion – Vorhersage der Wirksamkeit!

Anlässlich der World AMR Awareness Week (18.–24. November 2025) macht das IMM auf die diagnostischen Möglichkeiten aufmerksam, resistente Keime zuverlässig und schnell zu erkennen. Die diagnostische Mikrobiologie kann Resistenzen nicht bekämpfen, aber mittels moderner Diagnostik helfen, die Ausbreitung resistenter Keime zu verhindern.

In der Bakteriologie bildet die EUCAST-konforme Diskdiffusion das Rückgrat der Empfindlichkeitsprüfung: Sie ist klar definiert, qualitätsgesichert und an wird jährlich an die aktualisierten EUCAST-Breakpoints angepasst. So liefern wir, auf Basis reproduzierbarer in vitro Daten, rasch klinisch nutzbare Kategorien (S/I/R), wo erforderlich Informationen zum Resistenzmechanismus (z.B., AmpC, ESBL, Carbapenemase-Bilder) und ermöglichen eine zielgerichtete, deeskalierte Therapie sowie gezielte Infektionsprävention. Das reduziert den unnötigen Einsatz von Breitband-Antibiotika und unterbricht Übertragungsketten – im Krankenhaus wie im ambulanten Setting. Kontinuierlich arbeiten wir daran, die Empfindlichkeitsprüfung zu verbessern. (siehe bspw. Mancini et al 2025, Mancini et al 2025b ).

Hinweis: Informationen und Materialien zur WAAW stellt die Schweizer StAR-Kampagne bereit.
https://www.star.admin.ch/en/waaw-2025-4

Molekulardiagnostik/PCR – Stunden statt Tage – Prüfung auf Resistenz

PCR-basierte Tests ergänzen die klassische Empfindlichkeitsprüfung durch den schnellen, gezielten Nachweis zentraler Resistenzdeterminanten, etwa mecA (MRSA) oder vanA/vanB (VRE). Ergebnisse liegen häufig innerhalb weniger Stunden vor und unterstützen Therapie- und Isolationsentscheidungen, lange bevor phänotypische Tests abgeschlossen sind. Damit lassen sich unnötige Reserveantibiotika vermeiden und Transmissionen früher kontrollieren. Molekulare Analysen/Assays stellen somit einen essentiellen Baustein des „antimicorbial stewardships“ dar. Aktuelle Studien zeigen beispielhaft die zuverlässige und der Kultur überlegene molekulare Detektion von vanA/vanB in klinischen Proben (Giersch K et al., Sci Rep 2024). Auch bei kulturnegativen Proben (bspw. Biopsien) oder bei schwer/nicht anzüchtbaren Erregern können mittels PCR Resistenzgenen nachgewiesen werden (siehe bspw. Lauener, Imkamp, et al 2019).

NGS/Genomics – Vorausschau statt Rückschau

Whole-Genome-Sequencing (WGS) ermöglicht die genomische Resistenzvorhersage und die feinaufgelöste Aufklärung epidemiologischer Infektketten. So erkennen wir klonale Ausbrüche und Übertragungswege frühzeitig und können sogar die Ausbreitung mobiler Resistenzgene nachvollziehen (siehe hierzu diesen Beitrag von PD Dr. Helena Seth-Smith, Co-Leitung Microbial Genomics am IMM) – ein Gewinn für Spitalhygiene und Public-Health-Surveillance. Das IMM nutzt WGS in diagnostischen wie epidemiologischen Abklärungen (zum Beispiel die Ausbreitung der Diphtherie in Mitteleuropa ab 2022, siehe bspw. Hoefer, Seth-Smith, et al 2025). Genomdaten werden in nationale Genomdatenbanken wie etwa SPSP  eingespeist. Die am IMM entwickelte bioinformatische Pipeline IMMense setzt Standards in der Analyse der Sequenzdaten. International empfehlen ECDC und WHO die Integration von WGS in AMR-Überwachungssysteme; europäische Programme (z. B. EURGen-Net) zeigen, wie genomische Daten Prävention und Kontrolle unterstützen. Ergebnis: schnellere, zielgenauere Maßnahmen und nachhaltigerer Antibiotikaeinsatz. ecdc.europa.eu+1

Neue Partnerschaft mit dem One Health Institute
Seit April 2025 ist das IMM eines von drei assoziierten Partner-Instituten des One Health Institute (UZH).

Wir freuen uns, Teil des One Health Institute (https://www.onehealth.uzh.ch/en.html) zu sein und die Synergien der beiden Institute in Zukunft für innovative Kollaborationen zu nutzen.

Professor Adrian Egli wurde im Namen des Forschungskomitees des Karolinska Institutet in Stockholm, Schweden, zum außerplanmässigen Professor für auf künstlicher Intelligenz basierende Diagnostik in der medizinischen Mikrobiologie, in der Abteilung für Labormedizin des Karolinska Institutet ernannt.

Die Ernennung gilt für einen Zeitraum von drei Jahren, vom 1. Juli 2025 bis zum 30. Juni 2028. Er wird mit schwedischen Kollegen zusammenarbeiten, um neue Diagnoseverfahren zu entwickeln.

Forschungsgrant für die Weiterentwicklung von IMMense
SwissUniversities unterstützt ein Projekt von Tim Roloff und Aitana Neves vom Schweizerischen Institut für Bioinformatik (SIB) mit 165'000 CHF zur Weiterentwicklung der Swiss Pathogen Surveillance Platform (www.spsp.ch). SPSP ermöglicht das Teilen und Analysieren mikrobieller Genome und Metadaten durch Diagnostiklabore und Forschende in der Schweiz. Unter Leitung von Prof. A. Egli hat sich SPSP von einem Pilotprojekt zu einer national bedeutenden Infrastruktur entwickelt, welche seit der COVID-19-Pandemie intensiv genutzt wird.
Das Projekt erweitert die Analysemöglichkeiten für bakterielle Genome mithilfe der am IMM entwickelten IMMense-Pipeline (https://www.imm.uzh.ch/de/services/NGS/immense.html). Neue Funktionen wie Long-Read-Daten, Plasmidanalysen und spezies-spezifische Module sollen integriert werden. Auch die Benutzeroberfläche wird entsprechend angepasst – in enger Zusammenarbeit mit den Nutzerinnen und Nutzern. 

Research grant for IMMense enhancement
SwissUniversities is funding a project by Tim Roloff and Aitana Neves from the Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) with CHF 165,000 to further develop the Swiss Pathogen Surveillance Platform (www.spsp.ch). SPSP allows Swiss diagnostic labs and researchers to share and analyze microbial genomes and metadata. Led by Prof. A. Egli, SPSP has grown into a key national infrastructure and is being heavily used since the COVID-19 pandemic.
The project will enhance bacterial genome analyses using the IMMense pipeline developed at the IMM (https://www.imm.uzh.ch/en/services/NGS/immense.html), adding features like long-read data, plasmid analyses, and species-specific modules. The user interface will also be updated, with user input guiding improvements.

Congratulations to Elisa Sosa and Arpita Sahoo. They have been awarded the UZH Candoc grant of CHF 61’661 each. This funding goes toward promising early career researchers working on an excellent PhD thesis at the University of Zurich.

Congratulations to Dr. Jiemin Du. Jiemin Du has been awarded the UZH Postdoc grant of CHF 117'121. This funding supports qualified postdoctoral researchers embarking on an academic career and supports them in carrying out a research project at the UZH.

Both grants primarily provide salary funding, giving researchers protected time to focus on their projects.

Eine kürzlich veröffentlichte Studie im renommierten New England Journal of Medicine (NEJM), an der auch unser Institut massgeblich beteiligt war, analysierte den grössten Diphtherieausbruch in Westeuropa seit den 1950er-Jahren. Die Studie zeigte, dass der im Jahr 2022 beobachtete Anstieg von Infektionen bei Migranten in Europa auf mehrere genetisch unterschiedliche Stämme von Corynebacterium diphtheriae zurückzuführen ist. Dies deutet auf wiederholte Einschleppungen entlang gemeinsamer Migrationsrouten hin.

Die Zusammenarbeit zwischen 10 europäischen Ländern verdeutlicht, wie wichtig eine rasche internationale Koordination und genomische Überwachung sind. Die Forscher identifizierten antibiotikaresistente Bakterienstämme, was die Notwendigkeit wachsender Wachsamkeit im Bereich der öffentlichen Gesundheit und aktualisierter Impfmassnahmen unterstreicht.

Mehr dazu im vollständigen Artikel im NEJM: https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2311981

Kontakt: Prof. Dr. Dr. Adrian Egli, Email: aegli@imm.uzh.ch

A recent study published in the prestigious New England Journal of Medicine (NEJM), involving our Institute, has analyzed the largest diphtheria outbreak in Western Europe since the 1950s. The study revealed that the rise in infections observed among migrants across Europe in 2022 was linked to multiple genetically distinct strains of Corynebacterium diphtheriae, suggesting repeated introductions along common migration routes.

The collaborative work, involving 10 European countries, highlights the importance of rapid international coordination and genomic surveillance. The researchers identified antibiotic-resistant strains, underscoring the need for vigilant public health measures and updated vaccination efforts.

For further reading, visit the full article at NEJM: https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2311981

Contact: Prof. Adrian Egli, MD PhD, Email: aegli@imm.uzh.ch

Juni 2025: Prof. Dr. Markus Seeger wurde auf den 1. Juni 2025 vom Universitätsrat zum ordentlichen Professor ad personam für Biochemische Mikrobiologie befördert. 

Die Forschungsgruppe von Prof. Markus Seeger am Institut für Medizinische Mikrobiologie besteht seit Juni 2013. Gefördert durch eine Förderprofessur des Der Schweizerische Nationalfonds und einen ERC Consolidator Grant war er zunächst Assistenzprofessor und später Auserordentlicher Professor ad personam. Seine Forschungsgruppe umfasst rund 10 Doktoranden und Postdocs und erforscht molekulare Mechanismen von Transportproteinen in pathogenen Bakterien. Aus seinem Labor stammen international beachtete Arbeiten, welche zum vertieften Verständnis von Antibiotikapumpen und Eisentransportsystemen in Mykobakterien geführt hatten. Zudem entwickelte sein Labor neuartige Methoden zur Herstellung von kleinen Antikörperfragmenten (sybodies), welche weltweit zum Einsatz kommen.

Herzlichen Glückwunsch zu dieser Ernennung

Herr Dr. Alexander Gregor Geiger aus der FG Panse hat erfolgreich seine Dissertation (PhD) mit dem Titel „New Insights into Interactions and Mechanisms in Eukaryotic Ribosome Assembly" verteidigt. 

Frau Dr. Elizabeth Teresa Vittori aus der FG Hilbi hat erfolgreich ihre Dissertation (PhD) mit dem Titel „Interaction of the Legionella Effector Protein RidL with Eukaryotic Large Fission GTPases" verteidigt. 

Wir gratulieren zu diesem tollen Erfolg.

Herzlichen Glückwunsch an Prof. Egli und unsere zukünftige Doktorandin Ni Luh Putu Harta Wedari!
Prof. Egli hat erfolgreich ein Bundes-Exzellenz-Stipendium für die indonesische Doktorandin Ni Luh Putu Harta Wedari eingeworben. Dieses Stipendium des Schweizer Bundes ermöglicht hochqualifizierten internationalen Forschenden ein Promotionsstudium an der Universität Zürich

Nationales Zentrum für Mykobakterien bis 2028 am IMM 

Die Tuberkulose, hervorgerufen durch den bakteriellen Erreger Mycobacterium tuberculosis ist eine meldepflichtige Infektionskrankheit. Für die aktuelle Ausschreibungsperiode (April 2025 – März 2028) hat sich das Institut für Medizinische Mikrobiologie erfolgreich um das Nationale Zentrum für Mykobakterien (NZM) beim Bundesamt für Gesundheit (BAG) beworben.

Die wichtigsten Aufgaben des NZM, welches von Dr. Bettina Schulthess, FAMH und Prof. Dr. Peter Sander geleitet wird, sind folgende: 

• Charakterisierung zirkulierender mykobakterieller Erreger, insbesondere die phänotypische, genotypische und phylogenetische Analyse sämtlicher schweizerischen Rifampicin-resistenten M. tuberculosis-Isolate
• die Entwicklung diagnostischer Verfahren
• die Empfindlichkeitstestung nicht-tuberkulöser Mykobakterien (NTM)
• die Organisation eines nationales Qualitätsmonitorings
• die Erforschung von Mykobakterien
• die Beratung von Ärzten und Gesundheitsbehörden sowie die Aus- und Weiterbildung im Bereich der Mykobakteriologie
• die Vernetzung mit anderen mykobakteriologischen Referenzlaboren und dem European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) 
• das Reporting an das BAG und die Weltgesundheitsorganisation (WHO)

PD Dr. Helena Seth-Smith hat erfolgreich einen SNF-Projektbeitrag eingeworben. Für die nächsten vier Jahre wird sich ihre Forschungsarbeit auf „Genomics of Difficult to Culture Bacterial Pathogens using Enrichment (GENrich)“ fokussieren.
Im Rahmen des Projekts werden neue DNA-Target-Anreicherungstests für sexuell übertragbare (STI) und atypische Krankheitserreger der Atemwege entwickelt und validiert, mit Schwerpunkt auf schwierigen und nicht kultivierbaren Bakterien. Diese Arbeit baut auf einer Pilotstudie auf, die eine hohe Empfindlichkeit und Genom-Vollständigkeit für STI-Erreger gezeigt hat. Die genomischen Daten werden Informationen über Stammdiversität, Übertragungsmuster, Antibiotikaresistenz und globale Ausbreitung liefern, wobei ein besonderer Schwerpunkt auf einer neuen Chlamydia trachomatis LGV-Linie liegt.
 

Dr. Pauline Göller und Dr. Oliver Nolte haben eine Projektförderung in Höhe von 95‘016 Fr in einem Eureka-Projekt (Eurostars und Innosuisse) erhalten. Das Projekt befasst sich mit der Entwicklung eines „smarten order/entry-Systems“. Die Anforderung diagnostischer Tests durch Kliniker:Innen soll intelligent und mittels KI-Unterstützung begleitet werden, um Über- sowie Unterdiagnostik zu vermeiden. Gleichzeitig soll erreicht werden, dass Laboraufträge alle relevanten Daten zu einem Fall enthalten, um im Labor eine optimale Interpretation des mikrobiologischen Resultats zu ermöglichen. Geführt wird das iMiBiA genannte Projekt durch die deutsche Firma Medicalvalues. Partner sind neben dem IMM die Peak Spirit GmbH und das USZ (Infektiologie, Prof. Brugger) aus der Schweiz sowie das Schwarzwald-Baar-Klinikum in Deutschland. Die Laufzeit des Projekts beträgt 36 Monate.

Cystische Fibrose Switzerland (CFS) unterstützt ein weiteres Forschungsprojekt der Gruppe von Prof. Peter Sander. Während viele Forschungsprojekte die Mechanismen der erworbenen Antibiotikaresistenz untersuchen, geht es in dem neuen Projekt „Mycobacterium abscessus complex acquired drug-susceptibility offers tailor-made/patient-centered treatment options“ um die Identifizierung von Mutationen in Antibiotikaresistenzgenen, die einen Funktionsverlust hervorrufen und die multi-resistenten Erreger des Mycobacterium abscessus Complex damit empfindlich gegenüber spezifischen Antibiotika machen. Ein Paradebeispiel für genetisch bedeutsame Unterschiede innerhalb des M. abscessus Complex ist die Funktionalität des Macrolidresistenzgens (erm(41)).
Aufgrund der partiellen Deletion des erm(41)-Gens in einer der drei Subspezies des M. abscessus Complex (Mycobacterium abscessus subsp. massiliense) sind diese Bakterien im Gegensatz zu den beiden anderen Subspezies (Mycobacterium abscessus subsp. abscessus und Mycobacterium abscessus subsp. bollettii) empfindlich gegenüber den Makroliden Clarithromycin und Azithromycin. Die unterschiedliche Empfindlichkeit gegenüber Makrolidantibiotika ist klinisch relevant und spiegelt sich in deutlich besseren Therapieerfolgen bei der Infektion mit M. abscessus subsp. massiliense wieder. Im Rahmen des Projektes wird nach weiteren subspecies- bzw. stammspezifischen Unterschieden in der Antibiotikaempfindlichkeit gesucht. Das Projekt baut auf eigenen Untersuchungen zu den natürlichen/intrinsischen Resistenzmechanismen des M. abscessus Complex (Amikacin, Streptomycin, Rifampicin, Ampicillin, Spectinomycin) und der Entwicklung neuartiger Antibiotika (Spectinomycinderivate, Phenicole) gegen diesen „antibiotischen Albtraum“ auf.

Prof. Adrian Egli und Prof. Katharina Timper haben eine Projektförderung in Höhe von 90’000 Franken von der Bangerter Rhyner Stiftung erhalten. In einer prospektiven Studie untersuchen sie den Einfluss des Mikrobioms auf die Wirkung von GLP-1-Rezeptoragonisten, einem Wirkstoff zur Gewichtsreduktion. Ziel ist es, Zusammenhänge zwischen der individuellen Zusammensetzung des Darmmikrobioms und dem Therapieerfolg sowie dem Auftreten von Nebenwirkungen aufzudecken.

Wir gratulieren allen herzlich zu den erfolgreichen Eingaben.

Successful 2nd Edition of the “Bacterial Genome Sequencing Pan-European Network Conference” in Engelberg, Switzerland 

From March 13th to 16th, 2025, leading scientists, medical microbiologists, and molecular biologists, and promising PhD students convened in Engelberg, Switzerland, for the 2^nd edition of the “Bacterial Genome Sequencing Pan-European Network Conference”. Following the remarkable success of its inaugural event, this conference brought together international experts to discuss pivotal topics around Pathogen Genome Sequencing, its clinical and public health applications in molecular epidemiology and pathogen surveillance, and strategies to implement and enhance efficiency studies within hospitals and national healthcare systems. 

The conference featured in-depth discussions and lectures on subjects such as surveillance strategies, antimicrobial resistance, long-read sequencing, advanced analytics including machine learning, and the translation of sequencing data into actionable public health policies. A focal point was the identification and implementation of essential quality control measures and standardization processes necessary for the routine implementation of genomic sequencing into clinical diagnostics and epidemiological surveillance. 

Eight PhD students from across Europe presented their cutting-edge research, providing insights into novel approaches such as the genomic characterization of infectious agents, metagenomics, outbreak detection algorithms, and exploring the genomic plasticity of pathogens.

Organized jointly by the University of Zurich (Switzerland), Genomic Medicine Sweden & Örebro University Hospital (Sweden), Research Center Borstel, Leibniz Lung Center (Germany), Akershus University Hospital (Norway), and the University of St. Andrews (UK), the event fostered interdisciplinary collaboration and active discussion among participants. 

Given the successful discussions and positive feedback from attendees, planning is already underway for the third edition of the conference, aiming to build upon the achievements of the first two meetings. The organizers intend to establish this event as an annual tradition, eventually evolving into a dedicated Winter School focusing on bacterial genomic sequencing.

For more information and future updates, please contact the conference committee: 

Prof. Adrian Egli (Zurich, Switzerland); aegli@imm.uzh.ch 

Assoc. Prof. Paula Mölling (Örebro, Sweden); paula.molling@regionorebrolan.se 

Prof. Stefan Niemann (Borstel, Germany); sniemann@fz-borstel.de 

Prof. Deborah Williamson (St. Andrews, UK); deborah.williamson@unimelb.edu.au 

Assoc. Prof. Hege Vangstein Aamot (Lørenskog, Norway); Hege.Vangstein.Aamot@ahus.no

Prof. Peter Sander hat erfolgreich einen Grant bei der Stiftung Cystische Fibrose Schweiz (CFS) eingeworben.

Die Erreger des Mycobacterium abscessus Komplex gelten aufgrund ihrer hochgradigen antimikrobiellen Resistenzen als „Antibiotischer Albtraum“. Im Rahmen des Forschungsprojekts „Mycobacterium abscessus complex acquired drug-susceptibility offers tailor-made/patient-centered treatment options“ geht es darum aussergewöhnliche Schwachstellen in dem Resistenzarsenal einzelner Stämme zu entdecken und daraus zielgerichtete Therapiemöglichkeiten abzuleiten.
Wir gratulieren herzlich zu der erfolgreichen Eingabe.

Frau Anna Simona Rieder hat für ihre Masterarbeit mit dem Titel „Antibiotikaresistenz – Entwicklung eines browserbasierten E-Learning-Tools für Schüler:innen der Sekundarstufe“ einen Grant in Höhe von CHF 10'000 erhalten. Antibiotikaresistenzen sind eine der grössten globalen Gesundheitsbedrohungen und verursachen bereits heute jährlich über eine Million Todesfälle. Frau Rieders interaktives E-Learning-Tool vermittelt Jugendlichen auf altersgerechte Weise fundiertes Wissen über diese schleichende Pandemie und zeigt ihnen konkrete Strategien zur Prävention und Bewältigung auf.
Wir gratulieren herzlich zu dieser erfolgreichen Eingabe.

Wir gratulieren herzlichst Frau PD Dr. Helena Seth-Smith zur erfolgreichen Habilitierung an der Universität Zürich. Frau PD Dr. Seth-Smith ist eine Expertin im Bereich der bakteriellen Genomik. Sie hat ihr Fachwissen in etlichen international anerkannten Fachzeitschriften gezeigt und leitet gemeinsam mit Dr. Tim Roloff die Abteilung «Microbial Genomics».»