IMMense
IMM Extended Nextflow Sequencing Environment
IMMense ist eine Analyse Pipeline für Whole Genome Sequencing (WGS) Daten. Die Pipeline umfasst das Trimmen der Reads, Assemblierung, Annotation, Resistenzgen- und Virulenzfaktor-Bestimmung, Spezies Annotation sowie die Ausführung Spezies-spezifischer Module, kombiniert mit Qualitätskontrollen vom jedem der Schritte. (Bild 1)
Durch die Implementierung in NextFlow und die Verwendung von Singularity Images ist eine hohe Reproduzierbarkeit und Portierbarkeit gewährleistet.
Bild 1: Überblick der IMMense Pipeline. Anhand der Annotation eines Genoms mit MetaPhlan können Spezies-spezifische Module ausgeführt werden.
IMMense ist auf unserem Gitlab Repository verfügbar: IMMense gitlab