Microbial Genomics (NGS)
Das Next-Generation Sequencing ermöglicht die Identifizierung und Charakterisierung von Krankheitserregern auf genetischer Ebene in einem bisher unerreichten Mass an Präzision. Diagnostisch setzen wir dies zur Aufklärung von Resistenzmechanismen und Transmissionen bei Ausbrüchen sowie zur Identifikation auch bisher unbekannter Bakterien- und Pilzspezies ein, sowie für den schnellen Nachweis relevanter Krankheitserreger direkt aus klinischem Untersuchungsmaterial. Unsere Routine Pipeline ist nach ISO 15189 akkreditiert. Daneben testen wir auch regelmässig neuste Methoden und evaluieren deren Einsatz in der Routinediagnostik.
Untersuchungen:
Ganz Genom Sequenzierung / Next Generation Sequencing für:
- Ausbruchsuntersuchungen / Epidemiologische Abklärungen
- Identifikation schwierig zu bestimmender oder neuer Taxa
- Bestätigung von Taxa im Rahmen QC/QS
- Resistenzmarker
- Virulenzmarker
Resulte üblicherweise in 5-7 Arbeitstagen
Leitung:
Tim Roloff, Dr. rer. nat., Bioinformatiker, Co-Leiter, Technische Leitung
Helena Seth-Smith, PD Dr. phil., Bioinformatikerin, Co-Leiterin, Leitung Datenanalyse
Bioinformatik:
Vanni Benvenga, Bioinformatiker
Verantwortlicher Biomedizinischer Analytiker:
Daniel Gander, biomedizinischer Analytiker mbA
Sequenzierpartner für Referenzzentren:
- Nationales Zentrum für Mykobakterien (NZM)
- Nationales Referenzlabor zur Früherkennung und Überwachung neuartiger Antibiotikaresistenzen (NARA)
- Nationales Referenzzentrum für Legionellen (NRZL)
Bioinformatik:
