5.5 Breitspektrum-PCR: Pilze

Der Nachweis von Pilz-DNA erfolgt bei Kulturen durch die Amplifikation (PCR) der Internal Transcribed Spacer (ITS) Region des Pilzgenoms. Die ITS-Region besitzt hochkonservierte Sequenzabschnitte, an welche die entsprechenden PCR Primer binden. Die variablen Genabschnitte der ITS-Region sind für die meisten Pilze unterschiedlich und erlauben eine Identifikation durch Sequenzanalyse des Amplifikats (siehe Kapitel 5.7).
Der Nachweis von Pilzen aus klinischen Materialien erfolgt mit der Amplifikation der 18S-Region.
Schimmelpilze kommen ubiquitär in unserer Umwelt vor; deshalb ist eine Befundinterpretation immer nur vor dem Hintergrund des klinischen Krankheitsbilds möglich. Auch mikroskopische Befunde können zur Beurteilung der Relevanz eines molekularbiologischen Befundes hilfreich sein. Parallel zur PCR wird immer eine Kultur angesetzt.
Geeignete Untersuchungsmaterialien: normalerweise sterile Materialien, Citratblut, Gewebe, Punktate, Herzklappen, Biopsien

Referenzen:

FungiQuant: a broad-coverage fungal quantitative real-time PCR assay
Liu CM, Kachur S, Dwan MG, Abraham AG, Aziz M, Hsueh PR, Huang YT, Busch JD, Lamit LJ, Gehring CA, Keim P, Price LB (2012)
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ITS primers with enhanced specificity for basidiomycetes - application to the identification of mycorrhizae and rusts.
Gardes M, Bruns TD (1993)
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Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: PCR protocols: A guide to methods and applications. Eds: M. A. Innis, D. H. Gelfand, J. J. Sninsky, and T. J. White. Academic Press Inc., San Diego, California, p. 315-322
White TJ, Bruns T, Lee S, Taylor J (1990)